万方查重是一款专门用于学术领域的查重工具，主要应用于论文查重、期刊查重等。与校内查重相比，万方查重具有更广泛的数据库覆盖范围，能够检测更多的文献来源，确保查重结果的准确性和全面性。此外，万方查重还具有更高的查重速度和更精准的查重算法，能够有效帮助用户提升学术论文的质量。

而校内查重通常是指学校或教育机构自行开发或购买的查重系统，用于检测学生论文或教师科研成果的原创性。相较于万方查重，校内查重可能受限于数据库来源和查重算法，查重结果的准确性和全面性可能会有所不足。但校内查重通常更加符合学校或机构的需求，能够更好地保护学术成果的独立性和原创性。