进行论文修改前后的万方查重对比，首先需要在修改前将原始论文上传至万方查重系统，获取原始查重结果。然后，在修改完成后，将修改后的论文再次上传至系统进行查重。对比两次查重结果，查看重复率的变化情况。需要注意的是，万方查重结果仅供参考，不代表绝对真实性。

在进行论文修改前后的万方查重对比时，可以借助一些辅助工具来提高效率。比如，可以使用专业的文本对比软件，将修改前后的论文进行对比，查看具体修改的内容和重复部分。同时，也可以参考其他查重工具的结果，进行综合分析。在对比过程中，要注意保护论文的原创性，避免过度依赖查重工具。